Biaya pengoperasian kapal, bahan bakar, dan infrastruktur pelabuhan seringkali sangat tinggi. Hal ini dapat mengurangi profitabilitas perusahaan pengiriman.

Industri pengiriman sangat terpengaruh oleh peraturan dan perubahan kebijakan pemerintah yang kompleks. Pematuhan terhadap regulasi seperti IMO (International Maritime Organization) dapat menimbulkan biaya tambahan dan peningkatan birokrasi.

Keselamatan awak kapal dan keselamatan operasi adalah perhatian utama. Kecelakaan kapal dapat memiliki konsekuensi serius, termasuk dampak lingkungan yang besar.

Kapal memiliki umur pakai yang terbatas dan nilai mereka dapat merosot dengan cepat. Ini bisa menjadi masalah jika perusahaan harus mengganti armada mereka secara berkala.

Koordinasi dan manajemen logistik yang efisien sangat penting dalam industri ini. Tantangan seperti penyimpanan, pengiriman terakhir mil, dan manajemen rantai pasokan memerlukan teknologi dan keahlian khusus.